醫用生物安全柜作為生物安全實驗室的一級屏障，它是科研實驗室中重要的硬件裝備，柜內的所有物品，包括設備，都應在工作完成之后進行表面去污處理并從柜內取出，因為殘留的培養介質可能會提供微生物的生長條件。
使用規程：
1、要根據標準和有關的規定，向所有可能使用生物安全柜的用戶解釋安全柜的使用及限制條件。應發給工作人員書面規定或安全手冊或操作手冊。特別是必須明確告訴工作人員，在出現濺灑、破碎、方法不當的情況下，安全柜無法保護操作人員。
2、安全柜只有在工作正常時才能使用。
3、安全柜前臉的玻璃觀察窗不得在安全柜處使用狀態時打開。
4、柜內放置的儀器和材料必須保持在低數量。靜壓箱后部的空氣循環不得受阻。將材料放入安全柜的工作區之前，應對其表面進行去污處理。
5、柜內不得使用本生燈(一種煤氣燈)，因其產生的熱會干擾氣流并可能損壞過濾器。可以使用微型電焚燒爐，但使用一次性滅菌環則更好。
6、柜內所有的工作要在工作面的中部或后部進行，并能從觀察面板中看到。
7、操作手后方的活動要達到少。
8、操作手不應將手臂來回伸進出柜子，以免干擾氣流。
9、前送風格柵不得被便簽、滴管、或其他材料堵住，否則會干擾氣流從而可能使材料受到污染，使人員處在暴露狀態。
10、應在每次工作完成后及一天結束時，使用合適的消毒劑清潔安全柜的表面。
11、柜子的風扇在工作開始前和工作完成后要再各運行5分鐘。
醫用生物安全柜的內表面應在每次使用前與使用后進行去污處理。要用消毒劑擦拭工作臺表面及內壁面，使用的消毒劑應能殺死柜內可能存在的所有微生物。一天工作結束時，應進行后表面去污處理，即對工作臺、各個側面、背面及玻璃的里面進行全面擦拭。可以使用漂白粉液或70%酒精，這種對目標生物有效的消毒劑。如使用漂白粉液這種有腐蝕性的消毒劑，則要用滅菌水進行二次擦拭。建議工作柜在清潔、消毒時處在工作狀態。如果其未處在工作狀態，則應運行5分鐘，以便在安全柜關閉前將其中的氣體清除掉。
